La formation spirituelle est la deuxième dimension de la formation au sacerdoce. Elle prend pour fondement la spiritualité du prêtre diocésain, centrée sur sa consécration et sa mission. Ici, le candidat au sacerdoce est conduit à mieux cerner l’idéal sacerdotal et à structurer sa vie en ayant le regard fixé sur la croix du Christ. La dimension spirituelle de la formation au sacerdoce, peut s’orienter vers deux pôles : un pôle christologique et un pôle ecclésiologique.

En effet selon la nouvelle Ratio Fundamentalis Institutionis Sacerdotalis de la Congrégation pour le Clergé, au terme de la formation au séminaire, le séminariste doit être configuré au Christ de sorte qu’il devienne un « Alter Christus » (un Autre Christ). C’est pourquoi « le cœur de la formation spirituelle est l’union personnelle [du séminariste] avec le Christ » (Ratio Fundamentalis n° 102). Le candidat au sacerdoce est appelé à développer une amitié personnelle avec le Christ. C’est dire que le but ultime de la formation spirituelle est d’approfondir chez le séminariste la vocation baptismale, tout en le conformant à la vie ecclésiale. Il est formé à la vie du prêtre en Eglise à partir des éléments fondamentaux qui y structurent la vie sacerdotale.

La Ratio Fundamentalis au n° 103, énonce clairement la connaissance des Ecritures Saintes comme premier élément pouvant permettre la connaissance du Christ au candidat à l’ordination. L’Eucharistie quotidienne lui permettra d’avoir une vie de foi approfondie (Ratio Fundamentalis n°104). La Liturgie des Heures, les retraites et récollections, la direction spirituelle, la dévotion mariale, la dévotion aux saints, en particulier à saint Joseph, la pratique régulière de la pénitence, l’intégration des conseils évangéliques (Obéissance-Chasteté-Pauvreté), la connaissance des pères de l’Eglise, la culture des vertus théologales, sont autant d’éléments qu’offre la dimension spirituelle de la formation pour permettre au séminariste d’entrer dans une vraie « communion avec Dieu et avec ses frères dans l’amitié avec Jésus, le Bon Pasteur dans une attitude de docilité à l’Esprit. » (Ratio Fundamentalis n°101).